サーバ用途でJava+MySQLを利用する場合、コネクションプーリングなど
によってコネクションを保持していることが多いと思います。
ご存じの方も多いと思われますが、MySQL（4.x系。5.x系は未確認)では
コネクションの状態を常時監視していて、一定時間利用していないと接続を
切断するようになっています。その「一定時間」のデフォルトは８時間。
つまり、昼夜問わずアクセスのあるシステムならともかく、夜間にアクセスが
少ないシステムの場合、その８時間が経過してしまいプーリングしているにも
関わらずその接続が切れていて起動翌日になると使えなくなる、というような
現象が起こることがあります。
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